חברות הספנות המובילות ימשיכו לשרת את המדינות הנגועות בחיידק האבולה, במיוחד סיירה ליאון וגינאה, למרות ירידה משמעותית בדרישה למטען במהלך השבועות האחרונין.
החשש מפני הידבקות בנגיף גרם לירידה תלולה בסחר עם מערב אפריקה ושלח את הכלכלה המקומית לצלילה חדה.
מארסק ליין, לדוגמא, פוקדת נמלים בליבריה, סיירה ליאון וגינאה על בסיס שבועי, במסגרתו מפליגות אוניות בעלות קיבולת של 2,700 TEU מנמלי השטעון בטנג'יר ובאלג'סירס. הגישה לאוניות אלה מפוקחת בקפדנות, כשעובדים נדרשים לעבור בדיקות חום גוף לפני עלייתם על האונייה.
בדומה, CMA CGM פוקדת נמלים בסיירה ליאון, גינאה וליבריה בלופ שבועי, אולם החברה הפרידה את השירותים מאלה הפוקדים מדינות אחרות, בהן לא משתולל הנגיף.