"פיתוח נמל חיפה הוא מחויב המציאות, אך הרשויות המתכננות חייבות להבטיח את שימורם של שימושים ותשתיות שירוכזו במזרח מפרץ חיפה". כך נכתב בדוח איומים לשנת 2012 שהוציאה השבוע החברה להגנת הטבע, בסעיף המתייחס לנמל המפרץ, שלדברי מתכנני החברה יבוא על חשבון פיתוח פארק הקישון ונחל הקישון.
מתוך הדוח: "האיום המרכזי הנובע מפיתוח נרחב של הנמל, הוא דחיקת שימושים ומיזמי תשתית קיימים או מתוכננים לאזורים אחרים. דחיקה זו תגרום פגיעה קשה באזורים אלה... ביצוע התוכנית להרחבת הנמל עלול להזיק באופן בלתי הפיך לרצועת נחל הקישון משני צדדיו. התוכנית מייעדת אזורים אלה לעורף הנמל, לצורך אכסון מכולות. נחל הקישון עבר זה מקרוב פעולות שיקום דרמטיות והפך מנחל 'מת' למחל חי". בדוח נטען, שדווקא עכשיו, כשהנחל עומד בפני שיקום, מתכננות הוועדה המחוזית ועיריית חיפה "ל'קבור" את רצועת הנחל תחת מכולות משני צדדיו.
אי לכך, עמדת החברה להגנת הטבע, בהכירה בחשיבות פיתוח והרחבת נמל חיפה, היא שיש למצוא את האיזון המתאים בין שימושי הקרקע עבור צרכי הנמל, לרבות שטחי עורף, לבין שימושי הקרקע עבור צרכים עירוניים שונים, תשתיות לאומיות ושטחים בעלי חשיבות אקולוגית.
בסעיף מקורות לחומרי מילוי למסוף נמל המפרץ, מתייחס הדוח של החברה להגנת הטבע כי ברגע שהסביבה הימית במפרץ מופרת לצורך כריית כמות כה עצומה של חול, שיקום הסביבה לאחר מכן קשה מאוד.
מתכנני החברה להגנת הטבע מתנגדים גם לכוונת עיריית חיפה וחברת דלק נדל"ן להמשיך ולבנות את פרויקט מגדלי חוף הכרמל, במסגרתו מתוכננים לקום ארבע רבי קומות נוספים על חוף הים. הדבר, נכתב בדוח, מנוגד לאינטרסים ציבוריים ומהווה פגיעה בחוף הים. החברה פועלת לניוד זכויות הבנייה במקום למחנה צבאי סמוך העתיד להתפנות.
בנוגע להתייבשות נחל סעדיה בחיפה, טוענים מתכנני החברה להגנת הטבע שיש לבדוק את הסיבות להתייבשות הנחל, ועד כמה (ואם) גדולה היתה השפעת כריית מנהרות הכרמל גורם משפיע, שסדק את אוויפר החוף והסיטו את זרימת מי הנחל למקומות אחרים.
מתכנני החברה להגנת הטבע הביעו תקווה, שהמשא ומתן בין נציגי עיריית חיפה לבין רכבת ישראל וגורמי משרד התחבורה, בנוגע לשיקוע חלקים ממסילת הברזל העוברים בחיפה, יסתיימו בחיוב, ותימנע סגירת חלקים מהעיר לים, במידה ופרויקט חישמול הרכבת יעבור כפי שתכננה הרכבת. במיוחד, צוינו בדוח קטעי המסילה העוברים בפארק הכט ובחזית הים העירונית שבעיר התחתית.