בימים אלו מסיימת רכבת ישראל את העבודות האחרונות והבדיקות הסופיות להכשרת המסילה בקו לנתב"ג ולמודיעין לפעילות מחדש. בהתאם לכך, תנועת הרכבות תשוב לפעול בקטע זה החל ממוצאי שבת הקרובה (11 בינואר).
לפני כשלושה שבועות, במהלך הסופה העזה, קרסה דופן של נחל שפירים, העובר מעל מסילת הרכבת, אל תוך קטע המסילה והמנהרות בקו תל אביב-נתב"ג-מודיעין. כתוצאה מכך, הוצפה המסילה לאורך של כ-2 ק"מ בכמות של כ-250 אלף קוב מים, מהם 700 מטר בתוך שלוש מנהרות רכבת, כשמפלס המים הגיע בשיאו עד לגובה של כ-8 מטר.
לאחר סיום שאיבת המים, התברר כי ההצפה המאסיבית פגעה קשות הן בתשתית המסילה והן במערכות החשמל והתקשורת. הרכבת נאלצה להחליף כ-300 מטר של מסילות ולשקם את רבד החצץ עליו מונחת המסילה. בנוסף, הוחלפה כל מערכת החשמל, הלוחות האלקטרוניים ו-14 מפוחים המצויים במנהרות לצורך אוורור. במסגרת העבודות לשיקום המסילה, שופרו תשתיות הרכבת ונבנתה תשתית חזקה יותר לאפיק נחל שפירים במקום הממשק עם מסילות הרכבת.
בקטע ששוקם תוגבל מהירות הרכבות, עד שיוכח כי אין תזוזות בקרקע ובמסילה, בשל כמות המים העצומה שנספגה. בהתאם לכך, עד להודעה חדשה, רכבות הנוסעים מתחנות מודיעין ומנתב"ג תצאנה 3 דקות לפני השעה הנקובה בלוחות הזמנים.
עבודות השיקום בוצעו בשותפות עם כעשרה מתכננים מומחים בתחומים שונים. העבודות בוצעו מסביב לשעון וכללו, בין השאר, יציקת כ-1,000 קוב בטון לצורך הסדרת הנחל לאורך 250 מטר, שיקום מערכת הניקוז, באורך של 1 ק"מ והחלפת מחשבים, ציוד תקשורת וסימנורים.