הופסקה פעילות הרכבות בקו תל אביב-נתב"ג ומודיעין בשל קריסת אפיק נחל שפירים, שגרם לקריסת מערכת האיתות.
לאחר הסופה שעברה על ישראל בסוף השבוע האחרון, ממשיכה הרכבת להוות את ציר התנועה המרכזי בין ירושלים, אזור המרכז והצפון, ולספק שירות רכבות מתוגבר.
החברה מפעילה חדר מצב, שמאויש החל מתחילת הסופה במשך 24 שעות ביממה, במקביל לצוותים טכניים הפרוסים על הרכבות ובתוואי המסילה לאורך הארץ, על מנת לספק פתרונות מהירים במקרה של תקלה או פגיעה בתשתית המסילה.
ביום שישי האחרון נסעו בקו ירושלים-תל אביב מעל ל-8,000 נוסעים (כ-7,000 נוסעים יותר מהמוצע בקו). רכבות הנוסעים סיפקו שירות בקו זה גם במהלך השבת, ללא תשלום, על מנת לחלץ את אלפי האזרחים שנותרו נצורים בירושלים.
תשתית המסילה והאיתות של הרכבת ספגה אמש (שבת) מכה קשה, לאחר שמנהרות הרכבת בסמוך לנתב"ג הוצפו, כתוצאה מקריסה של דופן אפיק נחל שפירים העובר מעל מסילת הרכבת. ההצפה מתמשכת לאורך של כ-2 ק"מ ולכל רוחב ועומק המנהרה (כ- 5 מטר).
כתוצאה מכך הופסק שירות הרכבות לנתב"ג ולתחנות מודיעין. במקומות בהם לא ניתן שירות על ידי הרכבת, משרד התחבורה מתגבר באוטובוסים ורכבת ישראל מפעילה שירות הסעות לתחנות אלו מתל אביב ומלוד.
אולם, הנזק המשמעותי ביותר שנגרם בשל הצפת המסילות, הוא הפגיעה במערכת האיתות הרכבתית שמשליך גם על הפעלת מערכת האיתות (רמזורי הרכבת) בקטע המסילה שבין תל אביב-הגנה ולוד. לצורך מעבר בטוח בקטע זה, מחויבות כל הרכבות הנוסעות בקטע זה להאט את נסיעתן לאורך של כ-7 ק"מ, בהם לא פועלת מערכת האיתות.
במקום ההצפה נערכו צוותים בליווי כלים ייעודיים והם פועלים לשאוב את מי הנחל ולסתום את הפרצה ממנה שוטף הנחל את המסילות. לאחר שאיבת מי הנחל, ייערכו עבודות שיקום למערכת האיתות והחשמל שנפגעו בשל ההצפה, ולאחר מכן תוחזר תנועת הרכבות לסדרה.