בחודשים ינואר–מרץ נסעו ברכבת 10,156,456 נוסעים לעומת 9,480,610 נוסעים בשלושת החודשים הראשונים של 2012, עלייה של 7%.
מדד הדיוק של הרכבת ברבעון הראשון של השנה עמד על 94.78%, לעומת 92.11% בתקופה המקבילה אשתקד, ו-86.45% ברבעון הראשון של 2011.
ברבעון הראשון 2013 נרשמו עליות משמעותיות במספר הנוסעים בקווי הרכבת החדשים והמשודרגים יבנה מערב–תל אביב, ירושלים–בית שמש–תל אביב, תל אביב-באר שבע.
ברבעון הראשון של השנה הובילה הרכבת 1.7 מיליון טון מטען, עלייה של 35% בהשוואה לרבעון הראשון של 2012, בה הובלו 1.2 מיליון טון מטען.
הרכבת הובילה גם 765 אלף טון מחצבים, לעומת 541 אלף טון ברבעון הראשון של 2012, עלייה של 41%, ושינעה 676 אלף מכולות, עלייה של 32% בהשוואה לתקופה המקבילה אשתקד, בה הובלו 510 אלף מכולות.