התלונות שהתקבלו בלשכה אודות בעיות תפעול של מחסן תנופורט, כוללות בין השאר את הסעיפים הבאים :
- פעולות פשוטות שבעבר ארכו זמן קצר מבוצעות היום ב-2 שעות עבודה.
- הסעות קיימות עד לשעה 13:00 ,בעיות המתעוררות לאחר שעה זו נדחות ליום שלמחרת.
- משלוח מגיע מתנופורט לממ"ן זמן רב לאחר בקשת הבדיקה.
- בטיסות הנקלטות בתנופורט ומצריכה קליטה מיידית, אין אפשרות לזרז את התהליך.
- לקוחות שבאים לשחרר בעצמם אינם יכולים לאתר את המקום בשל היעדר שילוט והכוונה.
- תהליך קליטת הטיסות בתנופורט אורך זמן רב.
- במקרה והמשלוח נמצא בחיפושים בתנופורט, החיפוש לוקח זמן רב.
- כתוצאה מעבודות במחסן ממן מבוצעים לעיתים תכופות ניתוקי החשמל של כל בנין ממ"ן. בשעות הבוקר המוקדמות, למרות הודעות שאספקת החשמל תחודש בשעה 08:00, בפועל כמו היום 8/1/03 אספקת חשמל חודשה בשעה 10:00 .

דובר חברת ממן – מסופי מטען וניטול, מוסר בתגובה כי חברת ממן שוקדת בימים אלו על הקמת מערכת אחסון אוטומטית בהשקעה של כ- 20 מליון שקל, אשר תייעל, ותשפר את איכות השירות. תהליך הקמת המערכת במסוף המטענים בנמל התעופה בן גוריון, כרוך באי נוחות זמנית. ממן עושה כל שביכולתה לספק ללקוחותיה את השירות המקצועי והיעיל ביותר גם בתקופת בינים זו עד השלמת הקמת המערכת האוטומטית, אשר תשפר את איכות השירות הניתן ללקוחות הודות למעבר משירות ידני לממוחשב.