אסטוניאן אייר סיימה את 2013 עם הפסד של 8.1 מיליון אירו.
הכנסות החברה בשנה החולפת צנחו ב-21% בהשוואה ל-2012, עד ל-72.3 מיליון אירו.
בנוסף דיווחה החברה על הפסד נקי של 5 מיליון אירו למחצית הראשונה של 2014.
החברה ייחסה את ההפסדים עלייה בהוצאות וכן בכישלון למצוא משקיעים לקנות שני מטוסי Embraer 170 אותם קיוותה למכור.
במהלך 2013 הטיסה אסטוניאן אייר 551,169 נוסעים, ירידה של 37.9% בהשוואה ל-2012. לרשותה עומד צי של שבעה מטוסים.