מינהל המכס זכה בפרס הלאומי לאיכות ומצוינות ע"ש רבין במסלול המגזר הציבורי למשרדי הממשלה.
ועדת השיפוט העליונה בראשות כבוד שופט בית המשפט העליון (בדימוס) צבי טל, מצאה לנכון להעניק למינהל המכס את הפרס, לאחר שהתרשמה מרוח המנהיגות של השדרה הניהולית במינהל המכס, ושל העומד בראשה מנהל רשות המסים (בפועל) וראש מינהל המכס, דורון ארבלי, המוביל אותה לגישה של מצוינות בניהול.
שר האוצר, ד"ר יובל שטייניץ, שכיבד את הטקס בנוכחותו ציין כי זכיית מינהל המכס מהווה תעודת כבוד למשרד האוצר וכי השאיפה המתמדת של מינהל המכס למצוינות ניהולית מציבה אותו ככוח חלוץ במהלכים שמוביל האוצר להנגשת השירות הציבורי לעסקים ולאזרחים במדינה.
תחרות הפרס הלאומי לאיכות ומצוינות ע"ש יצחק רבין ז"ל נערכה בשני מסלולים: מסלול המצוינות הארגונית במגזר הציבורי ומסלול האיכות והמצוינות במגזר העסקי. התחרות נערכת בשותפות של משרד ראש הממשלה, משרד התמ"ת, מכון התקנים הישראלי, נציבות שירות המדינה, לשכת התיאום של הארגונים הכלכלנים והאיגוד הישראלי לאיכות.
בנימוקי ועדת השיפוט לבחירה נאמר כי הועדה מצאה כי האסטרטגיה של המינהל באה לידי ביטוי במודעותו הגבוהה לזרימת הסחר כמנוע צמיחה במשק תוך מוכוונות להסרת חסמים והקלה על קהיליית הסחר, מגמה הבאה לידי ביטוי בעובדה לפיה כ- 85% מהמטענים המגיעים לישראל משתחררים תוך פחות משעה.
הוועדה התרשמה מהתרבות הניהולית הרואה בעובדים שותפים מרכזיים לקידום החזון, הייעוד והמטרות ומשקיעה בטיפוח ההון האנושי, ומזה מספר שנים פועלת לשיפור תהליכים באמצעות הקמת צוותי שיפור לקידום תהליכי איכות ומצוינות, בהם שותפים עובדי המכס.
עוד צויין כי משנת 2005 נערכים בבתי המכס סקרי משוב ללקוחות, המעידים על מגמות שיפור, כמו-כן, נערכים סקרי משוב לעובדים, הבוחנים סוגיות מקצועיות לצד תגמול ורווחה. הוועדה ציינה עוד כי מינהל המכס מעודד פעילויות התנדבותיות בקהילה במגוון תחומים כגון: קידום אוכלוסיות מיוחדות, הסברה למניעת שימוש לרעה בסמים ושמירה על ערכי טבע וסביבה.