מזג האוויר הסוער שפקד את ישראל בשבוע שעבר פגע קשות בתשתית המסילתית ובמהלך הסופה קרסה דופן של נחל שפירים, העובר מעל מסילת הרכבת אל תוך קטע המסילה והמנהרות בקו ת"א-נתב"ג-מודיעין. כתוצאה מכך, הוצפה המסילה בכמות של כ-250 אלף קוב מים, לאורך של כ-2.5 ק"מ, כאשר מפלס המים הגיע עד לגובה של כ-8 מטר.
עם שוך הסערה שאבו עובדי רכבת ישראל את מי הנחל שהציפו את המסילות במשך 5 ימים רצופים, 24 שעות ביממה, על מנת לחשוף את המסילות ולהבין את מימדי האירוע והעבודות שיש לבצע על מנת להכשיר את קטע המסילה לתנועת רכבות.
לאחר סיום שאיבת המים, התברר כי ההצפה המאסיבית פגעה קשות הן בתשתית המסילה והן במערכות החשמל והתקשורת. זאת שכן, כמות המים האדירה סחפה אדמה, קרקע ובוץ שהציפו את המסילות ופגעה בחלקים מסוימים גם ביציבות הקרקע שמתחת למסילות. ובהתאם לכך החלה רכבת ישראל בביצוע עבודות לשיקום המסילות, הכוללות בחלק מהקטע גם פירוק מסילות והחלפת חצץ.
יתרה מכך, לאורך הקטע שהוצף ישנם מערכות חשמל רבות, שחלקן הגדול יצא מכלל שימוש. בין השאר הוצף ונפגע מבנה שליטה ובקרה (ששולט על התקשורת לכל אורך הקטע ועלות תיקונו כ-16 מלש"ח) ומערכות האיתות והתקשורת.
ברכבת ישראל ציינו כי לוחות הזמנים לשיקום המסילה, התשתית והעבודות לתיקון מערכת החשמל והתקשורת צפויות להימשך מספר שבועות.